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Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (Fmoc-L-Glutaminsäure-γ-tert-butylester-Monohydrat, CAS 204251-24-1) ist ein Fmoc-geschütztes Derivat von L-Glutaminsäure, bei dem die γ-Carboxylgruppe der Seitenkette als tert-Butylester geschützt ist. Das Molekül verfügt über die Fmoc-Gruppe (9-Fluorenylmethyloxycarbonyl) am N-Terminus zum vorübergehenden Schutz während SPPS, eine freie α-Carbonsäure zur Peptidkettenverlängerung und einen tert-Butylester (OtBu), der das Seitenkettencarboxylat schützt.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidomethyl-L-penicillamin, CAS 201531-76-2) ist ein Fmoc-geschütztes Derivat der nichtnatürlichen Aminosäure L-Penicillamin (β,β-Dimethylcystein). Das Molekül verfügt über einen Penicillamin-Kern mit einer tert-Butyl-Substitution (gem-Dimethyl) am β-Kohlenstoff, eine freie Carbonsäure und eine N-terminale Fmoc-Schutzgruppe (9-Fluorenylmethyloxycarbonyl). Die Thiolgruppe von Penicillamin ist durch eine Acetamidomethylgruppe (Acm) geschützt, die als Thiolschutzeinheit dient, die unter Standard-Fmoc-SPPS-Bedingungen stabil ist und selektiv mit Quecksilberacetat oder Jod entfernt werden kann, um das freie Thiol für die Bildung von Disulfidbindungen freizugeben.

Fmoc-ThpGly-OH (Fmoc-4-amino-tetrahydropyran-4-carbonsäure, CAS 285996-72-7) ist eine spezielle Fmoc-geschützte nichtnatürliche Aminosäure mit einem Tetrahydropyranring, der an das Alpha-Kohlenstoffzentrum kondensiert ist. Das Molekül besteht aus einem starren sechsgliedrigen Tetrahydropyran-(Oxan-)Ring mit einer Aminogruppe an der 4-Position, die durch die Fmoc-Gruppe (9-Fluorenylmethyloxycarbonyl) geschützt ist, und einer Carbonsäurefunktion am gleichen Kohlenstoff.

Fmoc-Met(O2)-OH (N-α-Fmoc-L-methioninsulfon, CAS 163437-14-7) ist ein Fmoc-geschütztes Derivat von L-Methionin, bei dem das Schwefelatom vollständig zur Sulfonoxidationsstufe (R-SO₂-R) oxidiert wurde. Diese Strukturmodifikation verändert die elektronischen und sterischen Eigenschaften der Methioninseitenkette grundlegend: Die Sulfongruppe führt zwei Sauerstoffatome ein, die die Polarität des Rests deutlich erhöhen und gleichzeitig die redoxempfindliche Thioetherfunktionalität, die in nativem Methionin vorhanden ist, eliminieren.

Fmoc-Ado-OH (Fmoc-8-amino-3,6-dioxaoctansäure, auch bekannt als Fmoc-AEEA oder Fmoc-NH-PEG₂-CH₂COOH) ist ein Fmoc-geschütztes Amino-PEG₂-Essigsäurederivat mit einem flexiblen Polyethylenglykol (PEG)-Abstandhalter zwischen dem Fmoc-geschützten Amin und der terminalen Carbonsäure. Das Molekül besteht aus einem Fmoc-geschützten primären Amin, das über einen 3,6-Dioxaoctansäure-Spacer an eine Carbonsäure gebunden ist – eine hydrophile PEG₂-Kette, die Wasserlöslichkeit und Konformationsflexibilität verleiht.

Fmoc-5-Hydroxy-Nva(TBDPS)-OH (N-fluorenylmethoxycarbonyl-5-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-L-norvalin) ist ein spezielles Fmoc-geschütztes, nicht proteinogenes Aminosäurederivat mit einer Hydroxymodifikation an der Seitenkette von Norvalin. Das Molekül enthält die säurelabile 9-Fluorenylmethyloxycarbonylgruppe (Fmoc), die den N-Terminus schützt, während die Hydroxylgruppe der Seitenkette durch die tert-Butyldiphenylsilyl (TBDPS)-Schutzgruppe maskiert wird – ein sperriger, säurestabiler Silylether, der während der Peptidsynthese orthogonalen Schutz bietet.